一九六六年，在信徒敦请之下，法师接任高雄大岗山新超峰寺住持，旋于一九七○年赴香港深造六年，先是毕业于香港能仁大学文史系，继而肄业于珠海大学文史研究所。一九七五年三月开参法师因车祸圆寂，紧急召请能学法师回台处理新超峰寺法务，一九七六年农历五月二日举行晋山大典。

法师正式接掌新超峰寺后，即致力于佛经白话的工作。能学法师认为，目前的佛经大都是唐宋以前的古文体，现在受白话教育的年轻一代，已经没有多少人可以看得懂，所以今天佛教最迫切的需要从事的工作，就是将佛经翻译成白话，此项工程需要投入极长的时间、人力及财力，而能学法师不计一切，全心投入白话翻译的工作，截至目前为止，已经有八十八册白话经典问世，并分送海内外，广获各界的好评与重视。

能学法师手绘佛化小亨利漫画，脍炙人口。法师从小就具有画画天份，未出家以前，心血来潮就涂几张漫画自娱，但一直都没有拜师学艺。法师皈依佛门之后深知佛海博大精深，一般人不易了解难涩的经文，佛法在推动上也就格外困难。这时法师想起了出家前爱翻看的国语日报小亨利漫画，他感觉到小亨利漫画所传达的意义，就是要小朋友做个心地善良的好孩子，这和佛陀劝为善宗旨一样。心想，如果能透过小亨利传达佛理，相信也会受大人、小孩的欢迎和接受。于是能学法师就在自己的寮房内一边翻阅佛经，一边画出了一个个动作、表情丰富的小亨利，用四格漫画阐述佛理。小亨利在法师细腻的笔触之下，成为了宣扬佛法的小菩萨。佛化小亨利带来了轰动，先是在马来西亚的（无尽灯）杂志发表，紧接着在菲律宾的（慈航）杂志、佛光山的（觉世）旬刊也相继邀稿。能学法师前后共画了八年，作品多达三百多件，后因于一九七○年赴香江深造而中止，回台后又致力于白话佛经的翻译工作，故未再有新作问世。一九八三年前后，能学法师收集过去佛化小亨利画稿出版成册，赠送给信徒参阅，又引起轰动。

自一九九一年起，法师应聘到海内外传戒道场担任戒师，截至一九九七年止，至少超过六次以上。近几年更应邀至日本、韩国、马来西亚、印尼、新加坡、美国、加拿大、澳洲、香港等国家或地区弘法，并不断于法界、佛教等卫星弘法电视台讲经说法。